El curso Introducción al análisis bioinformático de secuencias de RAD-seq brinda las herramientas necesarias para abordar datos genómicos derivados de técnicas de secuenciación masiva, actualmente claves en genómica de poblaciones y filogenómica. Se trabajará en el uso de software y entornos bioinformáticos para el procesamiento de datos RAD-seq: control de calidad, desmultiplexado, mapeo en genoma de referencia y ensamblado de novo. También se abordará la obtención y filtrado de SNPs, así́ como el análisis de diversidad genética y estructura poblacional mediante diferentes métodos (Admixture, PCA, FST, entre otros).

La modalidad combina instancias teóricas y prácticas, donde cada estudiante utilizará su propia computadora con acceso a un servidor bioinformático. Las actividades prácticas estará n orientadas al análisis de un set de datos reales y culminarán con la entrega de un informe final. El curso está dirigido a estudiantes de posgrado, investigadores y técnicos en ciencias biológicas o disciplinas afines que busquen incorporar habilidades bioinformáticas aplicadas al análisis genómico. Asimismo, los participantes que cuenten con datos propios podrán aprovechar el curso para realizar sus primeros análisis, recibiendo orientación en la aplicación de las herramientas vistas.

Objetivos

Capacitar a los participantes en el procesamiento y análisis de datos RAD-seq, desde el control de calidad hasta la interpretación de diversidad genética y estructura poblacional, aplicados a estudios de genómica de poblaciones y filogenómica.

Programa

1. Introducción a UNIX, comandos básicos de navegación y métodos de acceso remoto a servidores bioinformáticos.
2. Verificación de la calidad de las secuencias mediante el software FastQC o similar. Filtros de calidad y desmultiplexado de las secuencias con el módulo process_radtags del software Stacks.
3. Mapeo de secuencias de RAD-seq en un genoma de referencia y ensamble de novo. Obtención de paneles de SNPs mediante los módulos gstacks y populations del software Stacks.
4. Análisis de la variabilidad genética mediante cálculos de Heterocigosidad observada y esperada, diversidad nucleotídica y alelos privados. Exploración de la estructuración  poblacional mediante Admixture/Strucure, fineRADstructure, PCA, filogenias y cálculos de FST.

Modo de evaluación:

Los alumnos deberá n entregar un informe individual y rendir un examen ϐinal a través de la plataforma Moodle. La condición de aprobación será el 60% correspondiente a un 6 (seis).

Recursos necesarios para el dictado del curso:

Sala de informá tica con acceso a internet y posibilidad de conectar computadoras de cada alumno (25). Pantalla y Proyector LCD. Los ejercicios prá cticos se llevará n adelante en el servidor Toko de la FCEN-UNCuyo y/o en el de UNTDF. Todos los alumnos recibirá n una cuenta temporal y gratuita durante el desarrollo del curso.